Poseben cilj Zavoda Averroes je spodbujanje splošnega in akademskega izobraževanja ter vseživljenjskega branja in učenja. Že zaradi tega je bila ustanovitev specialistične knjižnice s področja kulture eden izmed najpomembnejših projektov Zavoda.
Knjižnica Averroes zajema gradivo s področja balkanistike, orientalistike, zgodovine, književnosti, islama in muslimanov ter z vseh drugih področij, ki so povezana s prej naštetimi. Za ustanovitev knjižnice znotraj Zavoda smo se odločili tudi zato, ker v Sloveniji primanjkuje znanja in literature o zgoraj naštetih temah in je specialistična knjižnica Zavoda Averroes kot taka prva svoje vrste na Slovenskem ter je namenjena širši bralski publiki v Sloveniji.
Na našo prošnjo so se odzvali nekateri posamezniki, ki so za potrebe Zavoda in knjižnice prostovoljno prispevali knjižno gradivo. Prav tako pa se je na naš poziv s knjižnim gradivom pozitivno odzvalo nekaj pomembnih institucij, kot so Knjižnica Gazi Husrev-bega iz Sarajeva (ustanovljena že leta 1530), Fakulteta za politične vede Univerze v Sarajevu, Medžlis Islamske skupnosti v Zagrebu, Avstrijska koorporacija in dr. Bernhard Stillfried, Medžlis Islamske skupnosti v Ljubljani, Mešihat Islamske skupnosti v Republiki Sloveniji ter Orientalistični inštitut iz Sarajeva in Bošnjaški inštitut – Fundacija Adila Zulfikarpašića iz Sarajeva.
Knjižnica Averroes je polnopravna članica sistema Cobiss. Glede na to da ima knjižnica Averroes veliko gradiva, ki podlega postopku katalogizacije, trenutno poteka vnos gradiva v sistem Cobiss.